Jaki masz sprzęt i system, jakiej wersji desmume użyawsz?
Próbowałeś odpalić z desmume_nosse.exe, możliwe że masz jakiś archaiczny procesor, który nie wspiera SSE2, sprawdzałeś?
Może to wina softu, wykonaj zrzut rejestru, znajdź klucz [HKEY_LOCAL_MACHINESOFTWAREMicrosoftWindows NTCurrentVersionWindows], tam wyszukaj linijkę AppInit_DLLs, otwórz ją i wyczyść jej informacje.
Nie znam się na tych sprawach, wygląda jakby wina leżała po stronie windy.
Przypuszczam, że to się dzieje w momencie wczytywania romu, na jakich configach odpalasz grę?